研究目的
开发一种基于氧化石墨烯荧光淬灭与恢复的原位杂交技术(G-FISH),用于福尔马林固定石蜡包埋组织中简单快速的RNA原位检测。
研究成果
G-FISH是一种简单、快速、廉价且灵敏的组织RNA检测方法,背景极低。该方法可检测福尔马林固定石蜡包埋组织(FFPE)、冷冻组织及CLARITY透明化组织中的多种RNA,在阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤等疾病的诊断与研究领域展现出应用潜力。未来工作可着眼于提高分辨率并扩展至其他RNA类型。
研究不足
由于信号开关策略,G-FISH可能无法达到单RNA分子分辨率。G-FISH与qPCR在miR-21检测上的相关性中等(R2=0.739),可能是局部测量与整体组织测量存在差异所致。
1:实验设计与方法选择:
本研究采用氧化石墨烯(GO)纳米片淬灭荧光标记的肽核酸(PNA)探针,通过靶标RNA杂交实现荧光恢复,构建了G-FISH技术。理论模型包含探针附着的π-π相互作用及杂交动力学机制。
2:样本选择与数据来源:
样本包括正常小鼠脑组织、原代培养海马神经元、阿尔茨海默病模型小鼠脑(5×FAD小鼠)及人胶质母细胞瘤(GBM)肿瘤组织。组织处理形式为福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)、冰冻切片或CLARITY透明化处理。
3:实验设备与材料清单:
设备含切片机、共聚焦显微镜(蔡司LSM 510 META)、GloMax Discover荧光检测系统、ABI 7500实时定量PCR仪。材料包括GO纳米片(Lemonex公司)、PNA寡核苷酸(Panagene)、荧光基团(FAM/TAMRA)、抗体(如GFAP)及组织处理染色试剂。
4:实验流程与操作步骤:
组织经脱蜡、水化后与GO-PNA复合物孵育(室温≤16小时)。CLARITY样本采用水凝胶-电泳法透明处理。通过荧光成像与RT-PCR进行验证。
5:数据分析方法:
使用成像软件量化荧光强度,组间比较采用Student's t检验,评估G-FISH与RT-PCR数据相关性。
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Zeiss LSM 510 META
Confocal Imaging System
Carl Zeiss
Acquisition of fluorescence images
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ABI 7500
Instrument
Applied Biosystems
Performing reverse transcription PCR amplification
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Nanodrop-1000
Spectrophotometer
Thermo Scientific
Confirming purity of total RNA
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GloMax Discover
Multimode Detection System
Promega
Quantitative examination of fluorescence intensity
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Microtome
Slicing paraffinized tissues into sections
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