研究目的
探索基于VGG-16网络的深度迁移学习在光学相干断层扫描(OCT)图像中准确自动分类年龄相关性黄斑变性(AMD)和糖尿病性黄斑水肿(DME)的应用,以辅助医学诊断并减轻临床医生工作负担。
研究成果
基于VGG-16网络的深度迁移学习方法在小样本视网膜OCT图像分类中展现出高效性,其准确率可与人类专家相媲美。该方法为预诊断提供了全自动解决方案,既能减轻临床医师工作负担,又具备辅助临床诊断决策的潜在应用价值。未来研究应着重将该方案转化为可供医疗实际应用的软件系统。
研究不足
预训练的VGG-16网络无法提供结果的透明解释,这限制了其在无临床支持情况下用于治疗指导的应用。其性能略逊于使用大型数据集从头开始训练CNN,但由于数据收集困难和训练时间更长,这种方法实施难度较大。
1:实验设计与方法选择:
本研究采用深度迁移学习方法,通过微调预训练的VGG-16网络(基于ImageNet数据集)将视网膜OCT图像分类为脉络膜新生血管(CNV)、糖尿病性黄斑水肿(DME)、玻璃膜疣和正常四类。方法包括图像预处理、数据集划分及反向传播网络再训练。
2:样本选择与数据来源:
2013至2017年间回顾性收集5家机构(Shiley眼科研究所、加州视网膜研究基金会等)5319例成人患者的207,130张视网膜OCT图像。预处理后使用109,312张图像,其中633例患者的1000张图像(每类250张)作为验证集,其余4686例患者的图像作为训练集。
3:实验设备与材料清单:
主要设备为德国海德堡工程公司的SD-OCT成像仪(Heidelberg Spectralis)。计算资源包括Ubuntu 16.04系统(搭载Intel酷睿i7-2700K CPU、256GB内存、双AMD Filepro闪存及NVIDIA GTX 1080显卡)。软件工具包含Python及其numpy、scikit-learn模块。
4:04系统(搭载Intel酷睿i7-2700K CPU、256GB内存、双AMD Filepro闪存及NVIDIA GTX 1080显卡)。软件工具包含Python及其numpy、scikit-learn模块。 实验流程与操作步骤:
4. 实验流程与操作步骤:图像经视网膜专家标注后进行标准化预处理(调整为224×224像素),随后划分数据集。通过载入预训练卷积层权重微调VGG-16网络,并针对四输出类别重新训练全连接层。训练采用SGD优化器(学习率0.001、动量0.9、权重衰减10^-4),以1000张图像/批进行200轮次训练。
5:动量权重衰减10^-4),以1000张图像/批进行200轮次训练。 数据分析方法:
5. 数据分析方法:使用准确率、灵敏度、特异度及受试者工作特征(ROC)曲线评估性能。基于真阳性、假阳性、真阴性、假阴性指标,通过Python的numpy和scikit-learn进行统计分析。
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GPU
GTX 1080
NVIDIA
Used for training and validation of the deep learning model, providing computational power for processing large datasets and running the VGG-16 network.
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SD-OCT device
Spectralis
Heidelberg Engineering
Used for acquiring retinal OCT images with specific scan protocols, including volume scans and B-scans, to capture cross-sectional representations of retinal pathology.
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CPU
Core i7-2700K
Intel
Part of the computational system used for running the deep learning training and validation processes.
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RAM
Provides memory for data processing during the deep learning experiments.
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Flash storage
Filepro 512 Gb PCIe-based
AMD
Used for storage of datasets and software during the computational processes.
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Operating system
Ubuntu 16.04
The platform on which the deep learning software and tools were run for model training and validation.
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Python modules
numpy and scikit.learn
Anaconda Python, Continuum Analytics
Used for statistical analysis and data processing in the study, including calculation of accuracy, sensitivity, specificity, and ROC curves.
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