研究目的
开发发现和评估m7G帽结合蛋白抑制剂的新方法,这些方法比现有方法更直接、耗时更少且劳动强度更低,使用荧光标记的单核苷酸帽类似物作为eIF4E和DcpS等蛋白的开启型探针。
研究成果
芘标记的m7G核苷酸可作为有效的开启型探针,用于开发针对eIF4E和DcpS等帽结合蛋白的高灵敏度FLINT检测方法。这些检测适用于高通量筛选,与文献数据具有良好相关性,可用于研究细胞裂解液等复杂生物混合物中的酶活性。未来工作应聚焦于优化探针结构以实现更广适用性和可见光范围发射,从而减少干扰。
研究不足
芘标记探针的近紫外区发射可能受到荧光抑制剂的干扰,需进行背景扣除。对于弱结合配体或强亲和力结合物,准确测定亲和力可能具有挑战性,此时可能需要使用更高亲和力或不同发射特性的探针。该方法并非适用于所有类型抑制剂,尤其是那些在紫外区具有强固有荧光的抑制剂。
1:实验设计与方法选择:
本研究通过铜催化叠氮-炔环加成反应(CuAAC)合成荧光标记的m7G核苷酸,表征其光谱特性,并开发基于荧光强度的结合与水解活性检测方法(FLINT)。理论模型包括饱和结合曲线和米氏动力学分析。
2:样本选择与数据来源:
使用不同荧光标签(如芘、BODIPY-FL)合成的探针,分别与重组蛋白(eIF4E和DcpS)及HeLa、HEK细胞的胞质提取物进行测试。
3:实验设备与材料清单:
设备包含岛津UV-1800紫外分光光度计、Cary Eclipse荧光分光光度计、Synergy H1酶标仪、HPLC纯化系统及相关缓冲液与化学试剂;材料包括核苷酸、荧光标签、酶类(如DcpS、PDE-I)及抑制剂。
4:实验流程与操作步骤:
合成过程采用DMSO/H2O体系中的CuAAC反应,经反相高效液相色谱(RP-HPLC)纯化。光谱测量在比色皿或96孔板中进行。结合与活性检测通过探针滴定蛋白/酶、监测荧光变化并计算KD、IC50等参数实现。
5:数据分析方法:
使用Origin和GraphPad Prism软件进行曲线拟合,应用解离常数、抑制常数方程及z因子计算评估实验质量。
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