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结合激光捕获显微切割与微流控qPCR分析单细胞转录谱：阿片类药物依赖的系统生物学研究方法
摘要： 解剖学上相邻的单细胞存在显著的转录异质性，这表明稳健的组织功能可能通过细胞表型多样性实现。研究生物系统网络动力学的单细胞实验，以具有生物学意义的分辨率展示了细胞和组织对各种条件的响应。在此，我们阐述从解剖学特定位置获取单细胞并精确测量其部分基因表达谱的方法。我们将激光捕获显微切割（LCM）与微流控逆转录定量聚合酶链反应（RT - qPCR）相结合。我们还利用该微流控RT - qPCR平台测量肠道内容物的微生物丰度。
关键词： 单细胞基因表达、杏仁核、肠道菌群、解剖特异性、胶质细胞、激光捕获显微切割、阿片类药物依赖、遗传学、微流控qPCR
更新于2025-09-23 15:21:01
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利用激光捕获显微切割和Smart-3SEQ技术对存档组织单细胞进行基因表达谱分析
摘要： RNA测序（RNA-seq）是量化基因表达的灵敏且精确的方法。小样本或RNA降解的样本（如福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织）使用非专业RNA-seq方案研究仍具挑战性。我们在此提出一种新方法Smart-3SEQ，该方法即使使用微量总RNA也能准确量化转录本丰度，并能有效表征通过激光捕获显微切割（LCM）从FFPE组织中提取的小样本。我们还从以往RNA-seq方案无法研究的FFPE单细胞中获取了独特的生物学特征，并利用这些数据鉴定出可能与肿瘤微环境相关的新巨噬细胞表型。我们认为Smart-3SEQ是一种极具成本效益的方法，可开展不受样本量和组织可用性限制的大规?；虮泶锲追治鍪笛?。特别是，Smart-3SEQ与FFPE组织的兼容性释放了大量存档临床样本的潜力；结合LCM技术，它能实现对原位环境下分离的小细胞群和单细胞前所未有的研究。
关键词： 激光捕获显微切割、单细胞基因表达、RNA测序、肿瘤微环境、福尔马林固定石蜡包埋组织、Smart-3SEQ
更新于2025-09-11 14:15:04