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铒激光与环孢素A对人牙龈成纤维细胞周期调控的影响
摘要： 引言：牙周炎是一组以牙周附着丧失和牙槽骨吸收为特征的炎症性疾病。由于牙周机械治疗存在不足，本研究旨在探索掺铒钇铝石榴石（Er:YAG）激光与环孢素A（CsA）对人牙龈成纤维细胞（HGFs）的分子影响，以改进牙周病治疗方法。方法：我们重点关注研究激光照射和CsA应用后HGFs蛋白质组谱的文章。使用Cytoscape 3.4.0分析差异表达蛋白的拓扑特征，并通过Cluster ONE插件从蛋白质相互作用（PPI）网络中筛选?？?。此外，我们对两个PPI网络中密集连接区域及关键蛋白进行了基因本体（GO）富集分析。结果：Er:YAG激光照射HGFs的PPI网络分析显示YWHAZ、VCP、HNRNPU、YWHAE、UBA52、CLTC、FUS和IGHG1为核心蛋白；类似分析发现ACAT1、CTSD、ALDOA、ANXA2、PRDX1、LGALS3、ARHGDI和EEF1A1为药物作用相关关键蛋白。两个网络枢纽-瓶颈蛋白的GO富集分析显示存在不同的显著生物过程和细胞组分。Er:YAG激光网络模块的功能富集包括脂肪酸跨膜转运、胞质分裂、RNA剪接调控和不对称蛋白定位。CsA处理的HGF网络未发现显著聚类。结论：结果表明两种治疗方法存在两套独立生物标志物组合。
关键词： 环孢素A（CsA）、人成纤维细胞、铒：钇铝石榴石激光器、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体论
更新于2025-09-11 14:15:04
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通过同步辐射圆二色光谱监测的耦合结合与螺旋形成
摘要： 内在无序蛋白通过多种调控与信号传导过程组织细胞内的相互作用网络。这些蛋白通常在与靶蛋白结合时通过多步反应获得结构，该过程涉及二级和三级结构的形成。为理解无序蛋白的相互作用机制，我们需要阐明这些折叠-结合耦合反应的原理。我们研究了类熔球态核共激活因子结合域与甲状腺激素/维甲酸受体激活因子无序相互作用域的结合过程中螺旋结构的形成。实验证明，通过停流同步辐射圆二色谱（CD）技术可追踪快速结合反应中的螺旋形成过程，并阐述了该光束线的设计方案。通过监测甲状腺激素/维甲酸受体激活因子与核共激活因子结合域结合反应的荧光信号，我们观察到包含浓度非依赖性动力学阶段的多个反应时相——该阶段与高离子强度下稳定的中间态相符。时间分辨CD实验显示，几乎全部螺旋结构均在蛋白质初始结合时形成，或仅需克服微小能垒即可从相遇复合体中分离。通过机制模型的模拟分析，我们证明高离子强度下观察到的中间态可能涉及螺旋总量微调的结构重排。本实验为耦合结合反应的模拟研究提供了基准参照，并证实了同步辐射CD技术在蛋白质相互作用机制研究中的可行性。
关键词： 耦合折叠与结合、同步辐射圆二色光谱、蛋白质-蛋白质相互作用、内在无序蛋白、螺旋形成
更新于2025-09-11 14:15:04
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利用绿色荧光蛋白检测内膜蛋白OppC的可溶性表达及体内相互作用
摘要： 本研究分析了寡肽通透酶（Opp）蛋白的体内相互作用系统，通过灵活运用绿色荧光蛋白（GFP）构建了内膜蛋白OppC的高表达系统。将编码寡肽转运体跨膜组分的大肠杆菌OppC基因克隆至不同载体，转化至不同大肠杆菌菌株并优化表达条件，通过凝胶内分析和Western印迹评估质粒与表达菌株对OppC产量的影响。携带GFP报告基因的pWaldo-GFPe载体转化E. coli C43(DE3)后产生的OppC，为生化和生物物理研究提供了足量功能性蛋白。采用GFP片段重组法检测到寡肽通透酶蛋白间的体内相互作用：底物结合蛋白OppA与其他组分无相互作用，ATP结合组分OppD不与OppF互作；而OppD和OppF均与跨膜组分OppB、OppC相互作用，OppB还直接与OppC结合。通过构建OppC基因缺失株确定其体内功能——对肽段摄取至关重要但对细胞存活非必需。这些结果有助于阐明细菌的寡肽转运机制。
关键词： 寡肽通透酶，蛋白质 - 蛋白质相互作用，内膜蛋白，绿色荧光蛋白
更新于2025-09-10 09:29:36
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基于荧光团相变方法对活细胞中小分子诱导的蛋白质-蛋白质相互作用进行动态成像
摘要： 蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）介导细胞内的信号转导。调控PPIs的小分子是生物学和生物医学研究的重要工具。通过动态成像技术观察小分子诱导的PPIs，可在活细胞中表征并验证这些分子。因此，开发能动态可视化活细胞中小分子诱导蛋白质结合与解离的细胞检测方法至关重要。本研究基于荧光团相变原理，设计了一种名为SPPIER（基于相分离的蛋白相互作用报告系统）的PPI检测体系。该系统利用绿色荧光蛋白（GFP）实现遗传编码，在小分子诱导PPI时，能在活细胞中快速形成高荧光强度的GFP液滴。SPPIER可检测免疫调节药物（IMiDs）诱导的cereblon与转录因子Ikaros之间的PPI，也能识别IMiDs类似物（如CC-885）诱导的cereblon与GSPT1结合。该系统经改造后还可用于监测小分子诱导的蛋白质解离过程，例如nutlin引起的HDM2与p53解离。SPPIER具有高亮度和快速动力学特性，能实现对活细胞中PPIs的稳健动态可视化。
关键词： 绿色荧光蛋白、小分子、SPPIER、活细胞、荧光团相变、蛋白质-蛋白质相互作用
更新于2025-09-10 09:29:36
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细胞接触界面蛋白质-蛋白质相互作用的荧光涨落光谱检测法
摘要： 多种生物过程涉及细胞间相互作用，这类作用通常由相邻细胞界面处的互作蛋白介导。值得注意的是，目前仅有少数检测方法能直接在活细胞中特异性探测此类相互作用。本研究建立了一种测定相邻细胞表面蛋白在细胞接触位点结合能力的方法：首先将目标蛋白分别与不同荧光蛋白融合并共转染细胞，随后通过共聚焦激光扫描显微镜对细胞接触区域的荧光波动进行光谱分析。我们以淀粉样前体蛋白类似物1（APLP1）跨细胞连接区的相互作用为例，验证了该检测方法在生物学相关体系中的可行性。文中详细阐述了基于荧光技术（扫描荧光交叉相关光谱、交叉相关数量与亮度分析）的数据采集方案及仪器校准流程，并讨论了数据分析的关键环节，包括如何识别和校正光漂白或细胞移动等外部干扰导致的异常信号波动。
关键词： 第142期，细胞间黏附，荧光相关光谱，细胞间相互作用，蛋白质-蛋白质相互作用，数量与亮度，荧光涨落光谱，生物化学，N&B
更新于2025-09-09 09:28:46
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光解标记及其在蛋白质药物发现与开发中的应用
摘要： 本篇简要综述介绍了光解标记试剂的主要类型及其反应机制，随后探讨了光解标记技术在蛋白药物研发中的应用——其应用范围已从体内蛋白质-蛋白质相互作用研究拓展至冻干固体中的蛋白质-基质相互作用。最后，该综述对这一技术的进一步发展提出建议，包括需要开发化学多样性更丰富的新型光反应试剂，以及深化对不同介质中光解标记反应机制的理解。
关键词： 蛋白质药物、重氮甲烷、冻干固体、光解标记、卡宾、蛋白质-蛋白质相互作用、二苯甲酮、苯基叠氮化物
更新于2025-09-09 09:28:46
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GPCR信号传导的热点区域：单分子显微镜的启示
摘要： G蛋白偶联受体（GPCRs）是目前研究最为深入的膜受体之一，这主要归因于它们在人体生理功能中的核心作用、与疾病的关联以及作为药物靶点的重要性。尽管生化与药理学研究已阐明了GPCR信号传导的主要步骤，但GPCRs如何在细胞内产生高度特异性反应的机制仍不甚明晰。单分子显微技术的新进展，使得我们能够以前所未有的精细程度研究GPCR信号传导基础的蛋白质-蛋白质相互作用。运用这一方法，近期研究者得以追踪活细胞表面单个受体与G蛋白的扩散、相互作用及信号传递过程。研究发现质膜上存在热点区域，受体与G蛋白在此进行短暂相互作用以产生快速且局部的信号。总体而言，这些最新发现揭示了GPCR信号传导具有高度动态性与复杂性，这为理解这些重要受体如何产生特异性效应提供了新依据，并可能为创新性药理学方法的开发开辟道路。
关键词： 单分子显微镜、质膜、GPCR信号传导、蛋白质-蛋白质相互作用、药理学方法
更新于2025-09-04 15:30:14