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[英国工程技术学会第五届亚洲机电一体化国际研讨会（AISM 2015）- 中国桂林（2015年10月7-10日）] 第五届亚洲机电一体化国际研讨会（AISM 2015）- 银修饰非晶二氧化钛纳米管阵列中的增强等离激元效应
摘要： 将原始RNA测序（RNA-seq）数据转化为可解读结果的过程可能迂回且耗时，需经多步骤操作。我们提出一种简化该流程的RNA-seq比对算法。本算法采用哈希表技术以充分发挥大内存机器的性能优势。SNAPR既可处理单样本库也可处理数千样本库，兼容压缩/未压缩的FASTQ与BAM文件，能一步输出排序后的BAM文件、单读数计数、基因融合信息并识别外源RNA种类。该工具还支持原生Phred质量值过滤，且适用于未来更长读长的测序平台。我们展示如何在数小时内完成数百例TCGA样本分析，同时检测基因融合与病毒事件。鉴于参考基因组与转录组定期更新，以及整合多数据集时需统一参数，建立高效的RNA-seq分析流程至关重要。本研究证明SNAPR能精确高效地实现这一目标。
关键词： 计算生物学、生物学、生物计算、RNA、基因表达、生物信息学
更新于2025-09-23 15:21:01
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碳点研究进展：从传统量子点的视角看
摘要： 量子点（QDs）自诞生以来一直是纳米科学与纳米技术的核心概念，在纳米领域发展中占据主导地位。碳点（CDots）以特征尺寸＜10 nm为定义标准，已成为碳材料与传统量子点（TQDs）交叉领域的一颗新星。碳点具有诸多独特的结构、物理化学及光化学特性，使其成为生物学、器件、催化等应用的理想平台。然而由于碳点的复杂性，深入理解其理化性质仍面临巨大挑战——包括结构、合成及光学特性在内的诸多关键问题尚未明晰，导致对其基础特性的认知存在争议与描述不统一。传统量子点过去四十年的研究成果与经验，有望为碳点的进一步发展提供重要价值。本文将通过比较TQDs与CDots的研究成果，系统阐述二者在结构、合成、特性及应用方面的差异与关联，并在此基础上展望未来研究方向及需解决的关键问题，以统一视角深化对TQDs和CDots基础特性的认知。我们期待学界研究者能预见碳点的巨大潜力，从传统量子点的发展历程中汲取关键思路，尤其关注合成化学、发光机制及应用背后的深层原理。
关键词： 碳点、量子点、光化学性质、生物学、纳米科学、催化、器件、纳米技术
更新于2025-09-23 15:19:57
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[2020年IEEE第33届国际微机电系统会议(MEMS) - 加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华 (2020.1.18-2020.1.22)] 2020年IEEE第33届国际微机电系统会议(MEMS) - 载二氧化钛视网膜锥体仿体的直接激光写入技术
摘要： 将原始RNA测序（RNA-seq）数据转化为可解读结果的过程可能迂回且耗时，需要多个步骤。我们提出一种简化该流程的RNA-seq比对算法。该算法采用哈希表方法，充分利用高内存机器的可用性与强大性能。SNAPR既可处理单个文库也可处理数千个文库，能接受压缩或未压缩的FASTQ与BAM文件，输出排序后的BAM文件、单读数计数、基因融合信息，并能一步识别外源RNA种类。SNAPR还支持对读数进行原生Phred分数过滤。该算法同样适用于未来生成更长读数的测序平台。我们展示了如何在数小时内分析数百个TCGA样本数据，同时识别基因融合与病毒事件。鉴于参考基因组与转录组定期更新，且整合多组数据时需要统一参数，RNA-seq分析亟需简化流程。我们证明SNAPR能高效精准地实现这一目标。
关键词： 生物信息学、生物学、基因表达、计算生物学、生物计算、RNA。
更新于2025-09-19 17:13:59
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一种从新鲜冷冻小鼠骨骼中获取高质量RNA的激光捕获显微切割方案
摘要： RNA产量和完整性对RNA分析至关重要。然而，在整个激光捕获显微切割（LCM）过程中保持RNA完整性往往存在技术挑战。由于LCM研究处理的样本量极少，RNA产量有限的问题也备受关注。因此，本研究开发了一套LCM操作流程，旨在获取足量高质量RNA用于骨细胞基因表达分析。我们评估了染色方案、冰冻切片厚度、显微切割组织量、RNA提取试剂盒及所用LCM系统对显微切割骨细胞RNA产量和完整性的影响。采用粘附薄膜制备8微米厚冰冻骨切片，并使用商业LCM染色剂的快速方案进行染色。样本夹在聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）膜与粘附薄膜之间，通过重力收集样本的LCM系统和基于柱式的RNA提取方法，最终获得产量充足且质量优异的RNA。虽然本研究聚焦于小鼠股骨切片，但所述LCM流程可用于研究生理状态及疾病进程中任何硬组织细胞的原位基因表达。
关键词： 第151期，骨骼，基因表达，激光捕获显微切割，小鼠，RNA，RNA完整性数值，生物学
更新于2025-09-12 10:27:22
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氧化石墨烯量子点对活体牙髓干细胞进行荧光标记
摘要： 鳙鱼（Aristichthys nobilis）和鲢鱼（Hypophthalmichthys molitrix）是鲤科鲢亚科中亲缘关系密切的物种，也是中国最重要的四种池塘养殖鱼类中的两种。在渔业生产中，这两种鱼对某些疾病的抵抗力往往存在显著差异。然而，它们免疫防御功能在分子水平上的进化分歧尚未被阐明。本文数据与研究论文《脾脏转录组比较分析揭示鳙鱼与鲢鱼免疫防御功能进化适应性的差异》（Li等，2018）相关，请参阅该数据文章以解读数据内容。本提交数据包含同源基因的Ka/Ks比值及适应性进化基因、同源基因表达水平，以及仅在鳙鱼或鲢鱼脾脏中表达的基因TPM值。这些数据有助于深入理解鳙鱼与鲢鱼免疫防御功能进化适应性的差异。
关键词： 转录组学、生物学、Excel文件和Word表格、高通量RNA测序
更新于2025-09-11 14:15:04