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[英国工程技术学会第五届亚洲机电一体化国际研讨会（AISM 2015）- 中国桂林（2015年10月7-10日）] 第五届亚洲机电一体化国际研讨会（AISM 2015）- 银修饰非晶二氧化钛纳米管阵列中的增强等离激元效应

DOI：10.1049/cp.2015.1586 出版年份：2015 更新时间：2025-09-23 15:21:01
摘要： 将原始RNA测序（RNA-seq）数据转化为可解读结果的过程可能迂回且耗时，需经多步骤操作。我们提出一种简化该流程的RNA-seq比对算法。本算法采用哈希表技术以充分发挥大内存机器的性能优势。SNAPR既可处理单样本库也可处理数千样本库，兼容压缩/未压缩的FASTQ与BAM文件，能一步输出排序后的BAM文件、单读数计数、基因融合信息并识别外源RNA种类。该工具还支持原生Phred质量值过滤，且适用于未来更长读长的测序平台。我们展示如何在数小时内完成数百例TCGA样本分析，同时检测基因融合与病毒事件。鉴于参考基因组与转录组定期更新，以及整合多数据集时需统一参数，建立高效的RNA-seq分析流程至关重要。本研究证明SNAPR能精确高效地实现这一目标。
作者： Andrew T. Magis，Cory C. Funk，Nathan D. Price
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研究概述 实验方案 设备清单

研究目的

介绍一种新的RNA-seq比对算法SNAPR，该算法简化了从原始RNA测序数据到可解释结果的转换过程，使其更快、更准确且更易于使用，尤其适用于大型数据集或需要进行标准比对之外额外分析的情况。

研究成果

SNAPR提供了一套快速、精准且集成化的解决方案，可简化大规模RNA测序数据的比对与分析流程。该工具使研究人员能轻松处理数百至数千个样本，精准识别基因表达或其他转录组扰动的统计学罕见模式，同时还能自动检测污染物及融合事件。

研究不足

当前版本的SNAPR专为具有注释基因组设计，不尝试发现新的剪接位点。其索引创建和对齐过程均需超过40GB的RAM内存。

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