研究目的
通过调整输入参数来提高细胞核/细胞分割流程的准确性,从而促进更稳健的图像分割工作流,并使图像分析在大规模图像数据集中的应用更加高效。
研究成果
所提出的多目标优化框架显著提升了分割结果的质量,并缩短了分割流程的执行时间。该框架展现出在大规模图像数据集中实现更高效图像分析应用、以及构建更稳健图像分割流程的潜力。
研究不足
该研究承认,由于分割工作流程的计算成本高昂,以及手动评估搜索空间和分割结果质量的难度较大,导致对搜索空间中某一点进行评估的成本很高。
1:实验设计与方法选择:
本研究整合了一系列用于分析算法中自动参数调优的方法和工具,这些算法用于分割组织标本数字化图像中的细胞核。研究采用多目标优化算法来高效搜索参数空间。
2:样本选择与数据来源:
实验使用了从多形性胶质母细胞瘤(GBM)全切片图像(WSI)中提取的15个图像瓦片,这些瓦片由病理学家手动分割。
3:实验设备与材料清单:
实验在Stampede分布式内存机器上进行。Stampede上的每个节点配备双Intel Xeon E5-2680处理器、一个Intel Xeon Phi SE10P协处理器以及32GB内存。
4:实验流程与操作步骤:
自动调优方法部署于区域模板(RTs)中,以在并行机器上高效执行图像分析流程。通过用户导出待调优参数及其取值范围的接口,实现应用程序或工作流与RT的调优集成。
5:数据分析方法:
采用平均Dice系数(取值范围0.0至1.0,数值越高表示与真实分割结果的一致性越好)量化分割结果质量。
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3D Slicer
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Intel Xeon E5-2680
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Processor used in the experiments.
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Intel Xeon Phi SE10P
SE10P
Intel
Co-processor used in the experiments.
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