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组织图像分割工作流程的多目标参数自动调优

DOI:10.1007/s10278-018-0138-z 期刊:Journal of Digital Imaging 出版年份:2018 更新时间:2025-09-23 15:21:01
摘要: 我们提出一个软件平台,该平台集成了组织图像分割工作流中多目标参数自动调优的方法与工具。本研究旨在通过调节输入参数来提升细胞核/细胞分割流程的准确性——组织中细胞核的形态、尺寸和纹理特征是疾病预后的重要生物标志物,而这些特征的精确计算依赖于细胞核边界的准确勾画。许多细胞核分割流程中的输入参数会影响分割精度,必须进行调优才能获得最佳性能。这一过程既耗时又需要大量计算资源;实现自动化有助于构建更稳健的图像分割流程,并能更高效地在大规模图像数据集中应用图像分析技术。 本软件平台通过调整细胞核分割算法参数,在最大限度缩短执行时间的同时优化图像分割结果质量。平台采用多种优化方法高效搜索参数空间,并开发了可在高性能计算系统上运行的方法学以缩短参数调优阶段的执行时间。这些功能封装于Docker容器中便于部署,用户可通过3D Slicer的友好界面扩展进行操作。 基于三个真实图像分割工作流的测试结果表明:本方案能够(1)在包含数十亿至数万亿参数点的空间中,仅搜索极小部分(约100个点)即可平均将分割输出质量提升1.20倍、1.29倍和1.29倍;(2)在提升输出质量的同时将分割工作流执行时间最高缩短11.79倍;(3)有效利用并行系统加速参数调优与分割阶段。
作者: Luis F. R. Taveira,Tahsin Kurc,Alba C. M. A. Melo,Jun Kong,Erich Bremer,Joel H. Saltz,George Teodoro
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研究概述 实验方案 设备清单

通过调整输入参数来提高细胞核/细胞分割流程的准确性,从而促进更稳健的图像分割工作流,并使图像分析在大规模图像数据集中的应用更加高效。

所提出的多目标优化框架显著提升了分割结果的质量,并缩短了分割流程的执行时间。该框架展现出在大规模图像数据集中实现更高效图像分析应用、以及构建更稳健图像分割流程的潜力。

该研究承认,由于分割工作流程的计算成本高昂,以及手动评估搜索空间和分割结果质量的难度较大,导致对搜索空间中某一点进行评估的成本很高。

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