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基于色相-饱和度-亮度表面创建的体积多通道图像细胞术流程优化

DOI:10.1038/s42003-018-0139-y 期刊:Communications Biology 出版年份:2018 更新时间:2025-09-23 15:21:21
摘要: 图像细胞术是将图像数据转换为流式细胞术风格图表的过程,通常需要计算机辅助构建表面以提取细胞或结构的统计数据。处理三维图像中多重标记结构的一种方法是在表面构建前进行多轮通道共定位和图像掩膜操作,但该过程繁琐费力。我们提出采用色相-饱和度-明度色彩空间来简化这一流程,该方法能生成完整表面,并允许用户在灵活定义细胞亚群前全局观察数据。表面构建后还可进行光谱补偿以精确解析不同信号。我们通过小鼠耳部针刺损伤的静态与动态成像数据集验证了该工作流程的实用性,相信这种可扩展且直观的方法将提升生物样本组织细胞术的操作便捷性。
作者: Yingrou Tan,Jackson Liang Yao Li,Chi Ching Goh,Bernett Teck Kwong Lee,Immanuel Weng Han Kwok,Wei Jie Ng,Maximilien Evrard,Michael Poidinger,Hong Liang Tey,Lai Guan Ng
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研究概述 实验方案 设备清单

通过应用色调-饱和度-亮度色彩空间来简化图像细胞计量学中的表面创建流程,从而实现对多参数荧光显微镜图像更高效、灵活的分析。

HSB表面创建工作流显著简化了图像细胞术中的表面创建过程,为分析多参数荧光显微镜图像提供了更高效、更灵活的方法。该方案适用于多种成像模式和数据集,在定量分析方面有所改进,使生物学家能从成像数据中获取更多信息。

HSB表面创建工作流仅限于向HSB转换算法输入三个通道,若图像中使用了超过三个标记物,这可能会成为问题。需要战略性地规划多重染色组合,以选择相关的共定位标记物输入算法。

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