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oe1(光电查) - 科学论文

7 条数据
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  • [分子生物学方法] 植物长链非编码RNA 第1933卷（方法与实验方案）|| 用于可视化植物中RNA-蛋白质相互作用的三元荧光互补（TriFC）检测法

    摘要： RNA-蛋白质相互作用在多种真核生物过程中发挥重要作用。对植物中RNA-蛋白质复合体亚细胞定位的分子成像对于理解这些相互作用至关重要。然而，迄今为止尚未开发出活体植物中RNA-蛋白质相互作用的成像方法。最近，我们通过烟草叶片瞬时表达建立了一个三分子荧光互补（TriFC）系统，用于活体观察RNA-蛋白质相互作用。该方法将传统的双分子荧光互补（BiFC）系统与MS2系统（噬菌体MS2衣壳蛋白[MCP]及其结合RNA序列[MS2序列]）相结合来标记长链非编码RNA。目标RNA被6xMS2标记，MCP和RNA结合蛋白则与YFP片段融合。将这些融合RNA和蛋白的DNA构建体通过农杆菌悬浮液浸润到烟草叶片中，通过共聚焦显微镜观察活体RNA-蛋白质相互作用。

    关键词： RNA-蛋白质相互作用，长链非编码RNA，TriFC，烟草瞬时表达，在体可视化

    更新于2025-11-21 11:08:12

  • [英国工程技术学会第五届亚洲机电一体化国际研讨会（AISM 2015）- 中国桂林（2015年10月7-10日）] 第五届亚洲机电一体化国际研讨会（AISM 2015）- 银修饰非晶二氧化钛纳米管阵列中的增强等离激元效应

    摘要： 将原始RNA测序（RNA-seq）数据转化为可解读结果的过程可能迂回且耗时，需经多步骤操作。我们提出一种简化该流程的RNA-seq比对算法。本算法采用哈希表技术以充分发挥大内存机器的性能优势。SNAPR既可处理单样本库也可处理数千样本库，兼容压缩/未压缩的FASTQ与BAM文件，能一步输出排序后的BAM文件、单读数计数、基因融合信息并识别外源RNA种类。该工具还支持原生Phred质量值过滤，且适用于未来更长读长的测序平台。我们展示如何在数小时内完成数百例TCGA样本分析，同时检测基因融合与病毒事件。鉴于参考基因组与转录组定期更新，以及整合多数据集时需统一参数，建立高效的RNA-seq分析流程至关重要。本研究证明SNAPR能精确高效地实现这一目标。

    关键词： 计算生物学、生物学、生物计算、RNA、基因表达、生物信息学

    更新于2025-09-23 15:21:01

  • RNA测序分析揭示了光生物调节对人成纤维细胞作用的分子机制

    摘要： 背景 光生物调节（PBM）效应长期应用于多种临床治疗，但除紫外线因强细胞杀伤效应备受关注外，关于波长相关的PBM作用机制缺乏深入研究。 目的 阐明PBM的作用原理及改善的主要机制。 方法 本研究采用分别发射390纳米紫外光、415纳米蓝光和660纳米红光的三种LED芯片构建光照设备，选取人成纤维细胞（HF）进行不同波长PBM测试。通过细胞计数试剂盒（CCK-8）初步检测细胞增殖情况，并对接受不同波长光PBM处理的HF开展系统转录组RNA测序（RNA-seq）分析。 结果 发现415纳米蓝光抑制细胞增殖，660纳米红光促进细胞增殖，而390纳米紫外光对细胞增殖影响甚微。RNA-seq结果显示CSF1R、PPP3CC、ITGAL、ITGAM、IL2RB等多个差异表达基因（DEGs）参与细胞增殖调控。基质金属蛋白酶（MMPs）基因家族的相对DEGs值在蓝光与红光照射下呈现显著差异，其中MMP25、MMP9、MMP21和MMP13尤为明显。 结论 综合结果表明，该研究为从基因层面描述不同波长光照PBM作用下人成纤维细胞的变异提供了重要参考依据。

    关键词： 基质金属蛋白酶（MMPs）、RNA测序（RNA-Seq）、人成纤维细胞（HF）、光生物调节（PBM）、发光二极管（LED）

    更新于2025-09-23 15:19:57

  • [2020年IEEE第33届国际微机电系统会议(MEMS) - 加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华 (2020.1.18-2020.1.22)] 2020年IEEE第33届国际微机电系统会议(MEMS) - 载二氧化钛视网膜锥体仿体的直接激光写入技术

    摘要： 将原始RNA测序（RNA-seq）数据转化为可解读结果的过程可能迂回且耗时，需要多个步骤。我们提出一种简化该流程的RNA-seq比对算法。该算法采用哈希表方法，充分利用高内存机器的可用性与强大性能。SNAPR既可处理单个文库也可处理数千个文库，能接受压缩或未压缩的FASTQ与BAM文件，输出排序后的BAM文件、单读数计数、基因融合信息，并能一步识别外源RNA种类。SNAPR还支持对读数进行原生Phred分数过滤。该算法同样适用于未来生成更长读数的测序平台。我们展示了如何在数小时内分析数百个TCGA样本数据，同时识别基因融合与病毒事件。鉴于参考基因组与转录组定期更新，且整合多组数据时需要统一参数，RNA-seq分析亟需简化流程。我们证明SNAPR能高效精准地实现这一目标。

    关键词： 生物信息学、生物学、基因表达、计算生物学、生物计算、RNA。

    更新于2025-09-19 17:13:59

  • 一种从新鲜冷冻小鼠骨骼中获取高质量RNA的激光捕获显微切割方案

    摘要： RNA产量和完整性对RNA分析至关重要。然而，在整个激光捕获显微切割（LCM）过程中保持RNA完整性往往存在技术挑战。由于LCM研究处理的样本量极少，RNA产量有限的问题也备受关注。因此，本研究开发了一套LCM操作流程，旨在获取足量高质量RNA用于骨细胞基因表达分析。我们评估了染色方案、冰冻切片厚度、显微切割组织量、RNA提取试剂盒及所用LCM系统对显微切割骨细胞RNA产量和完整性的影响。采用粘附薄膜制备8微米厚冰冻骨切片，并使用商业LCM染色剂的快速方案进行染色。样本夹在聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）膜与粘附薄膜之间，通过重力收集样本的LCM系统和基于柱式的RNA提取方法，最终获得产量充足且质量优异的RNA。虽然本研究聚焦于小鼠股骨切片，但所述LCM流程可用于研究生理状态及疾病进程中任何硬组织细胞的原位基因表达。

    关键词： 第151期，骨骼，基因表达，激光捕获显微切割，小鼠，RNA，RNA完整性数值，生物学

    更新于2025-09-12 10:27:22

  • 结构导向荧光标记揭示新霉素与其RNA适配体的两步结合机制

    摘要： 通过光谱学评估了胞苷类似物C?f作为RNA动态位点特异性报告分子的能力。C?f标记的单链和双链RNA在荧光寿命、量子产率及各向异性上存在差异，这些观测指标也受C?f相邻碱基的影响。利用该构象与位置特异性，通过在适配体N1的四个不同位点独立引入C?f，成功研究了新霉素与其适配体的结合动力学与机制。停流法测量显示新霉素结合具有显著快速的动力学特征，该现象可通过两步结合模型得到合理解释，其中构象选择被确认为主导机制。

    关键词： 适配体、结合机制、新霉素、荧光标记、RNA

    更新于2025-09-09 09:28:46

  • RNA-蛋白质紫外交联实验

    摘要： RNA-蛋白质相互作用在RNA代谢的各个方面都起着至关重要的作用，也在转录后基因调控中扮演主要角色。RNA结合蛋白与病毒基因表达（Ray和Das，2002）及microRNA介导的基因调控（Poria等，2016）有关。本文描述了一种方案：(1)通过紫外线交联共价连接瞬时相互作用的RNA-蛋白质复合物；(2)通过RNase消化去除未受?；さ腞NA；(3)通过SDS-PAGE分析检测RNA-蛋白质复合物。该方案提供了一种快速可靠的方法，可直接测定纯化蛋白的RNA-蛋白质相互作用及其动力学，并有助于发现新的RNA-蛋白质相互作用。

    关键词： 紫外光交联、RNA-蛋白质相互作用、RNA结合蛋白

    更新于2025-09-04 15:30:14