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光笼化醌甲基化物交联剂用于蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA复合物的光控化学交联

DOI:10.1002/ange.201910135 期刊:Angewandte Chemie 出版年份:2019 更新时间:2025-09-11 14:15:04
摘要: 小分子交联剂对于探究生物分子相互作用及在交联质谱(CXMS)中解析大蛋白质复合物和固有无序蛋白具有不可替代的价值。现有化学交联剂仅靶向少数特定氨基酸残基,限制了交联数量与类型;而传统光交联剂虽能非选择性地靶向几乎所有残基,却使数据分析复杂化。本研究报道了基于光笼醌甲基化物(PQM)的交联剂,其能通过特异性迈克尔加成反应同时靶向九种亲核残基。除天冬氨酸、谷氨酸、赖氨酸、丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸外,PQM交联剂还能有效交联谷氨酰胺、精氨酸和天冬酰胺——这些残基此前无法被现有化学交联剂靶向,显著提升了单一交联剂的残基覆盖范围。此类多重交联特性将增加CXMS鉴定中交联肽段的丰度,并提供充足的结构约束以辅助结构解析。我们成功将该交联剂应用于体外体系、大肠杆菌及哺乳动物细胞中二聚体蛋白与内源膜受体的交联实验。其中NHQM交联剂可直接实现蛋白与DNA的交联——此类功能交联剂此前极少存在。PQM交联剂的光激活特性与多重靶向反应性,将大幅提升基于化学交联技术在蛋白质-蛋白质/蛋白质-DNA网络研究及结构生物学领域的应用效能。
作者: Jun Liu,Lingchao Cai,Wei Sun,Rujin Cheng,Nanxi Wang,Ling Jin,Sharon Rozovsky,Ian B. Seiple,Lei Wang
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开发基于光笼醌甲基化物(PQM)的交联剂,用于蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA复合物的光控化学交联,通过特异性迈克尔加成实现对九种亲核残基的多重靶向。

光笼醌甲基化物(PQM)交联剂能够实现包括谷氨酰胺(Gln)、精氨酸(Arg)和天冬酰胺(Asn)在内的九种亲核氨基酸残基的交联——这些残基此前无法被靶向。这类交联剂具有光控特性,可实现时空分辨率控制,并已成功应用于体外实验、大肠杆菌、哺乳动物细胞及蛋白质-DNA交联研究。该技术显著拓展了化学交联技术在研究蛋白质-蛋白质和蛋白质-DNA网络以及结构生物学领域的应用能力。

NHQM无法有效进入大肠杆菌细胞进行胞内交联。在哺乳动物细胞中的交联效率较低(<10%)。未来提高PQM交联剂水溶性的努力可能会增强交联效率。

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